La chiesa fu completata nel 1677, come si leggeva sulla lapide che fino al 1956 sovrastava il suo ingresso principale: «Questo tempio della santissima Vergine Immacolata costruito con le offerte dei fedeli fu completato il 12 febbraio dell'Anno del Signore 1677».
Era ubicata nel suburbio, alle spalle della chiesa matrice, proprio dirimpetto alla Porta Terra, là dove era preesistita la chiesa di S. Giovanni Battista. Gradualmente la Confraternita pur rimanendo eretta nella chiesa di Santa Maria la Nova, e pur celebrando qui le sue liturgie, iniziò a tenere le proprie riunioni e le proprie pratiche di pietà sempre più spesso in questa nuova chiesa, tanto che nel 1683 si radunava ormai solo in essa nei giorni di venerdì e di domenica e in tutte le feste dell'anno liturgico.

All'interno della Confraternita continuavano però ad esserci delle controversie interne soprattutto tra i Frati di S. Maria la Nova, che la avevano costituita e il clero locale. Questo scontro portò più volte lo stesso vescovo di Nardò a dover intervenire personalmente per dirimere i conflitti. La questione girava intorno alla volontà di indipendenza che la Confraternita manifestava rispetto ai frati, accentuata ancor di più dal fatto che comunque una chiesa che potesse fare da sede c'era, ma i frati insistevano che la sede fosse nell'altare di S. Maria la Nova dove la stessa Confraternita era stata creata.
Nel 1712, Mons. Sanfelice, nel dover dirimere l'ennesima controversia nata dalle sempre più forti spinte autonomistiche, concesse il trasferimento della Confraternita da S. Maria la Nova alla Chiesa dell'Immacolata, che divenne la sede definitiva, fino ad oggi della Confraternita.

Curata direttamente dalla Confraternita, la chiesa fu sempre tenuta in ottimo stato, tant'è che il giorno 11 novembre 1719, Mons. Sanfelice volle consacrarla per premiare così orgogliosa dedizione.

Nel 1956 la chiesa dell'Immacolata, divenuta insufficiente per l'accresciuto numero dei Fratelli, fu interessata da notevoli lavori di ampliamento, con i quali furono costruiti ex novo il transetto, l'abside, la sacrestia, il campanile; modifiche furono apportate anche al frontespizio, con la conseguente distruzione della lapide di fondazione.
La chiesa oltre ad essere la sede attuale della Confraternita di Maria S.S. Immacolata, si anima in modo particolare durante la Novena dedicata all'Immacolata Concezione, che precede la festività solenne.

(fonte: A. Serio, G. Santantonio - Racale, note di storia e di costume - Editrice Salentina, 1983)